La médecine scolaire est assurée par des équipes médico-socio-scolaires agréées par le ministre de la Santé. L’agrément est en principe accordé pour une durée de trois ans. D’après la loi du 2 décembre 1987 portant réglementation de la médecine scolaire, la division de la médecine scolaire est chargée de l’organisation de la médecine scolaire au niveau de l’enseignement post-primaire alors que les administrations communales sont chargées d’organiser la médecine scolaire au niveau de l’éducation préscolaire, de l’enseignement primaire ainsi que de l’enseignement spécial.

Certaines communes organisent la médecine scolaire avec leurs propres professionnels de santé. De nombreuses communes du pays font appel à la coopération des professionnels de santé de la Ligue médico-sociale.

Excepté pour la Commune de Luxembourg, les médecins scolaires sont des médecins travaillant en médecine libérale. Les services de médecine scolaire sont placés sous l’autorité du médecin chef de division de la Médecine Scolaire de la Direction de la Santé